Lorsque la guerre approcha, MacArthur fut rappelé de sa retraite par Roosevelt. Étant commandant de l'armée du sud-est asiatique, il est le responsable de la mauvaise défense de Luçon qui a permis aux Japonais de progresser si rapidement. Mais, avec ses hommes, il résiste héroïquement à la péninsule de Bataan et sur l'île de Corregidor et devient donc un héros. En mars 1942, Roosevelt lui ordonne de se retirer jusqu'en Australie où il est promu commandant suprême des forces alliés dans le Pacifique sud et il se prépare à retourner aux Philippines pour battre les Japonais, provoquant ainsi des frictions avec les amiraux de la marine qui ne veulent pas retourner aux Philippines dans l'immédiat. MacArthur reçoit aussi la Médaille d'Honneur pour son combat héroïque aux Philippines. Au début de 1943, MacArthur à déjà lancé sa contre-attaque par laquelle il reconquiert la Nouvelle-Guinée. En octobre 1944, après avoir fait valoir son point de vu aux amiraux, il est de retour aux Philippines, par Leyte, et il prend Luçon en août 1945. Entre temps en janvier MacArthur était promu au rang des 5 étoiles et en avril MacArthur était promu commandant des forces armée US dans le Pacifique. Il se prépare à envahir le Japon, mais ce dernier capitule avant et le 2 septembre MacArthur reçoit la reddition officielle à bord du Missouri dans la baie de Tokyo.